ΑΝΑΠΤΥΓΜΕΝΑ ΨΗΦΙΑΚΑ ΕΡΓΑΛΕΙΑ
Διαδικτυακή Υπηρεσία Αυτόματης Καταμέτρησης Κυττάρων
Η Διαδικτυακή Υπηρεσία Αυτόματης Καταμέτρησης Κυττάρων αποτελεί ένα ολοκληρωμένο ψηφιακό εργαλείο για τον υπολογισμό του πλήθους κυττάρων της μικροάλγης Chlorella vulgaris από εικόνες μικροσκοπίου. Η υπηρεσία αναπτύχθηκε στο πλαίσιο του έργου ALGEBRA και είναι διαθέσιμη διαδικτυακά στη διεύθυνση:
http://chaos.athenarc.gr:31304/
Η πλατφόρμα επιτρέπει στον χρήστη να ανεβάζει μία ή περισσότερες μικροσκοπικές εικόνες και να λαμβάνει αυτόματα ως απόκριση την τροποποιημένη εικόνα με την πρόβλεψη του μοντέλου, καθώς και πληροφορίες σχετικά με τον αριθμό των ανιχνευμένων κυττάρων.
Η υπηρεσία αξιοποιεί σύγχρονα μοντέλα βαθιάς μάθησης, τα οποία έχουν εκπαιδευτεί σε εξειδικευμένα σύνολα δεδομένων:
- YOLOv8 για ανίχνευση αντικειμένων (object detection)
- U-NET για σημασιολογική κατάτμηση (semantic segmentation)
- SAM2 (Segment Anything Model 2) για δημιουργία μάσκας και ακριβέστερο προσδιορισμό κυττάρων
Για λόγους ασφάλειας, πριν τη χρήση της υπηρεσίας απαιτείται η δημιουργία προσωρινού κωδικού πρόσβασης (token) διάρκειας 15 λεπτών μέσω της επιλογής “Create Token”, ο οποίος χρησιμοποιείται για την κλήση του επιλεγμένου μοντέλου.
Η προσέγγιση εφαρμόζεται αποκλειστικά στη Chlorella vulgaris, λόγω της σφαιρικής μορφολογίας των κυττάρων της (2–10 μm), που καθιστά εφικτή την αξιόπιστη κυτταρομέτρηση.
Η διαδικτυακή αυτή υπηρεσία αυτοματοποιεί μια παραδοσιακά χρονοβόρα και επιρρεπή σε σφάλματα εργαστηριακή διαδικασία, μετατρέποντας την καταμέτρηση κυττάρων σε μια ταχεία, αναπαραγώγιμη και αντικειμενική ψηφιακή διαδικασία, συμβάλλοντας στην ανάπτυξη «ευφυών» καλλιεργειών και στην υποστήριξη εφαρμογών βιοτεχνολογίας και βιοαποκατάστασης.
